从生化角度来看，细菌正常生长和繁殖的核酸和脱氧核糖核酸是由若干氢键紧密连接而成的卷曲大分子，微波导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因或染色体畸变，甚至断裂。微波杀菌正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用。实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产物品质保持、产物保质期及节能方面都有明显的优势。
即食燕窝杀菌锅采用的正是微波杀菌，一般罐头食品厂对罐头作常压水煮加热杀菌处理时都采用这种杀菌方式，通过引入压缩空气可实现反压杀菌，如冷却需在锅内进行，须用水泵打入锅顶部的喷水管（或采用水循环系统）。
即食燕窝杀菌锅主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产物要求温度很严格，尤其是出口产物，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会超过罐外（在锅内）的压力。因此为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对罐两端面凸出必须施加反压力，特别是对需要较高杀菌温度的肉类罐头更就如此。
